ACS Catalysis | 基于分子动力学模拟的脱氢/还原酶的理性设计
引言 手性醇是大量复杂化合物的重要组成部分，在制药、农业化学、香味和精细化工行业发挥重要作用。利用脱氢/还原酶对前手性酮进行不对称生物还原是制备…… Continue reading
JMC | 勃林格殷格翰采用计算结合基于片段的药物筛选发现靶向FKBP51极小片段
引言 高通量筛选（HTS）与基于片段的筛选（FBS）已经成为一种成熟的药物发现方法，与典型的HTS库相比，FBS对类药物分子化学空间的采样效率有…… Continue reading
AI居然无需学习蛋白-配体相互作用就能计算蛋白-配体相互作用能力?
2020年2月25日, 北京生命科学研究所/清华大学生物医学交叉研究院黄牛实验室在《Frontiers in Pharmacology》杂志发表…… Continue reading
Nature Chemistry | 理论结合实验揭示Varkud卫星核酶的催化机理
引言 Varkud卫星核酶（VS）是已知的最大自裂核酶，也是最大的内切核酶。它存在于自然分离的Neurospora线粒体中，能将多聚体与核糖核酸…… Continue reading
JMC | 斯坦福与默克发现图卷积深度学习提升ADMET预测准确率
引言 药物的吸收、分布、代谢、排泄以及毒性（ADMET）性质预测对于药物有效性和安全性至关重要，药物发现早期进行ADMET性质预测，能大大降低药…… Continue reading
JCIM | 机器学习和虚拟筛选的无偏基准数据集
引言 虚拟筛选方法的比较评估需要在不同的、现实的和公正的数据库上执行严格的基准程序。许多研究表明，使用经典的人工构建的配体集(例如DUD、DUD…… Continue reading
JCTC | 如何选择蛋白-肽对接程序？14种对接程序的基准测试
引言 蛋白与肽段的相互作用（PpIs）介导了大量的蛋白-蛋白相互作用，阐明蛋白-肽复合物的结构细节对于理解肽疗法和蛋白-肽识别基础的分子机制至关…… Continue reading
JMC | PROTAC技术在药物发现中的优势与挑战
引言 近年来，靶向蛋白降解嵌合体 (PROTAC)作为新颖的诱导蛋白降解方式已成为一种全新的药物发现策略。来自英国人工智能公司Benevolen…… Continue reading
Angew Chem | 计算模拟设计大环PROTAC分子
引言 蛋白降解靶向联合体（Proteolysis Targeting Chimera, PROTAC）是当前药化领域热门技术。通过连接体将靶蛋白…… Continue reading
JMC |基于结构的exportin-1小分子共价拮抗剂的发现
先睹为快 作者单位 大连理工大学杨永亮，大连化学物理研究所李国辉，四川大学Qingxiang Sun 蛋白靶点 Exportin-1（CRM1…… Continue reading